以书院作为宣讲、倡大自己学说的基地，并借讲学颠覆程朱理学，是王阳明书院观的重要内容。王氏之学三变而定于书院，其教三变而从书院开始的情况，我们在上一节已经作过介绍，这里再引他在稽山书院讲学的材料，由此可以明了其操作情形。嘉靖四年（公元1525年），王氏门人绍兴府知府南大吉“慨然悼末学之支离”，拓新稽山书院，又建尊经阁，集八邑之士，“将进之以圣贤之道”，遂请王氏“一言以谂多士”。于是，他就发表了其著名的六经为“吾心之记籍”，“六经之实，则具于吾心”的主张，其称：
六经者非他，吾心之常道也。故《易》也者，志吾心之阴阳消息者也；《书》也者，志吾心之纪纲政事者也；《诗》也者，志吾心之歌咏性情者也；《礼》也者，志吾心之条理节文者也；《乐》也者，志吾心之欣喜平和者也；《春秋》也者，志吾心之诚伪邪正者也。君子之于六经也，求之吾心之阴阳消息而时行焉，所以尊《易》也；求之吾心之纪纲政事而时施焉，所以尊《书》也；求之吾心之歌咏性情而发焉，所以尊《诗》也；求之吾心之条理节文而时着焉，所以尊《礼》也；求之吾心之诚伪邪正而时辨焉，所以尊《春秋》也。
盖昔圣人之扶人极，忧后世，而述六经也，犹之富家者之父祖，急其产业库藏之积，其子孙者或至于遗忘散失，卒困穷而无以自主也，而记籍其家之所有以贻之，使之世守其产业库藏之积而享用焉，以免于困穷之患。故六经者，吾心之记籍也，而六经之实，则具于吾心，犹之产业库藏之实积，种种色色，具存于其家，其记籍者，特名状数目而已。而世之学者，不知求六经之实于吾心，而徒考索于影响之间，牵制于文义之末，硁硁然以为是六经矣。是犹富家之子孙，不务守视享用其产业库藏之实积，日遗忘散失，至于窭人丐夫，而犹嚣嚣然指其记籍曰：“斯吾产业库藏之积也。”何以异于是？呜呼！六经之学其不明于世，非一朝一夕之故矣。尚功利，崇邪说，是谓乱经；习训诂，传记诵，没溺于浅闻小见，以涂天下之耳目，是谓侮经；侈淫辞，竟诡辩，饰奸心盗行，逐世垄断，而犹自以为通经，是谓贼经。若是者，是并其所谓记籍者而割裂弃之矣，宁复知所以为尊经也乎！（注：王守仁《稽山书院尊经阁记》，见《王阳明全集》卷七，第254—255页．）
我们从“乱经”、“侮经”、“贼经”的言辞中，可以感知他对于支离末学的猛烈批评的态度，更可以从他希望“世之学者既得吾说而求诸心焉”的迫切中，体味到他借书院传播其学说的急切心情。
乘平乱大胜之势，将瓦解朱熹学说的文章千里致送并刊立于白鹿洞书院，集合自己的门人在洞中讲学，其占领程朱理学阵地之意十分明显，可以不论。早在正德十年（公元1515年），王阳明就借为《紫阳书院集》作序之机，公开批评朱子之学“失之支离琐屑”，大力推销“心外无事”，“心外无理”，“心外无学”的主张，在朱子老家，开始了其颠覆紫阳学说的活动。其称：
豫章熊侯世芳之守徽也，既敷政其境内，乃大新紫阳书院以明朱子之学，萃七校之秀而躬教之。于是校士程曾氏采摭书院之兴废为集，而弁以白鹿之规，明政教也。来请予言以谂多士。夫为学之方，白鹿之规尽矣；警劝之道，熊侯之意勤矣；兴废之故，程生之集备矣。又奚以予言为乎？然予闻之：德有本而学有要，不于其本而泛焉以从事，高之而虚无，卑之而支离，终亦流荡失宗，劳而无得矣。是故君子之学，惟求得其心。虽至于位天地，育万物，未有出于吾心之外也。孟氏所谓“学问之道无他，求其放心而已矣”者，一言以蔽之。故博学者，学此者也；审问者，问此者也；慎思者，思此者也；明辩者，辩此者也；笃行者，行此者也。心外无事，心外无理，故心外无学。是故于父，子尽吾心之仁；于君，臣尽吾心之义；言吾心之忠信，行吾心之笃敬；惩心忿，窒心欲，迁心善，改心过，处事接物，无所往而非求尽吾心以自慊也。譬之植焉，心其根也；学也者，其培拥之者也，灌溉之者也，扶植而删锄之者也，无非有事于根焉耳矣。朱子白鹿之规，首先以五教之目，次之以为学之方，又次之以处事接物之要，若各为一事而不相蒙者。斯殆朱子平日之意，所谓“随事精察而力行之，庶几一旦贯通之妙也”欤？然而世之学者，往往遂失之支离琐屑，色庄外驰，而流入于口耳声利之习。岂朱子之教使然哉？故吾因诸士之请，而特原其本以相勖。庶几乎操存讲习之有要，亦所以发明朱子未尽之意也。（注：王守仁《紫阳书院集序》，见《王阳明全集》卷七，第239—240页．）
非常明显，发明朱子未尽之意是假，推广自己致良知的心学是真。这说明，王阳明已经深谙利用书院传播学术之道。正是利用书院这块阵地，他将自己的思想理论迅速推广于东南各地，及至倾动朝野，取代程朱理学而风行数十百年之久。
王阳明关于书院的教学方法和理论，主要集中体现在《教条示龙场诸生》。教条作于正德三年（公元1508年），虽然是为训诲在龙冈书院学习的“诸夷子弟”，比较浅近，仅以立志、勤学、改过、责善“四事相规”，但它实则揭示出了讲学求道的逻辑理路，符合教育教学规律。只是，当时初讲知行合一说，其教初变于书院，相对而言心学特色还不明显而已，此则略而不论。
关顾讲会，致力于讲会制度建设，是王阳明对书院的一大贡献。王门最早的讲会是由王阳明亲自主持的。据《年谱》记载，嘉靖四年（公元1525年）九月，“先生归，定会于龙泉寺之中天阁。每月以朔、望、初八、二十三为期”，“咸集于此，以问学为事”。为了使讲会走向正规，不致因人之去留而聚散，他以书壁的形式对讲会的日期、原则和具体操作程序、方法等提出了要求，其称：“予切望诸君勿以予之去留为聚散，或五六日，八九日，虽有俗事相妨，亦须破冗一会于此。务在诱掖奖劝，砥砺切磋，使道德仁义之习日亲日近，则势利纷花之染亦日远日疏，所谓相观而善，百工居肆以成其事者也。相会之时，尤须虚心逊志，相亲相敬。大抵朋友之交，以相下为益，或议论未合，要在从容涵育，相感以成；不得动气求胜，长傲遂非，务在默而成之，不言而信。其或矜己之长，攻人之短，粗心浮气，矫以沽名，讦以为道，挟胜心而行愤嫉，以圯族败群为志，则虽日讲时习于此，亦无益矣。”（注：《王阳明全集》卷三十五，第1294页．） 十月，阳明书院落成，讲会移至书院举行。其后，钱德洪、王畿等先生主持其事，讲会坚持数十年不断，成为浙中王门重镇。
