“百日维新”期间，维新进入实际操作阶段，康有为等人的主张更加谨慎、现实，绝口不提君主立宪等zhengzhi体制改革问题。康有为在呈给光绪皇帝的《日本变政考》中明确提出，现在开国会、立宪法为时过早，“民智未开，遽用民权，则举国聋瞽，守旧愈甚，取乱之道也”。甚至主张“惟有乾纲独断，以君权雷厉风行”。对于谭嗣同等少数“激进派”开议院的主张，康有为也“以旧dang盈塞，力止之”。在第一次被光绪皇帝召见时，康有为建议“就皇上现在之权，行可变之事”，力主行政改革的“变官制”而不是zhengzhi体制改革。而其行政改革的主张也非常谨慎，甚至被批评为“保守”。他认为，许多不合时宜、已经无用的旧部门虽应裁撤，但他强调，如果现在裁撤必将激化矛盾。
所以，“百日维新”期间，光绪皇帝颁布的新政主要是经济、军事、文教等方面的改革。在行政改革方面主要是起用了一些新人、新设了农工商总局，他们原计划对行政改革起关键作用的“既立制度局总其纲，宜立十二局分其事”的“制度局”，却因守旧派的强烈反对根本未能成立。
虽然不撤旧部，但旧部官僚明白自己的实权将因新部之设而大打折扣，旧军机大臣怒曰：“开制度局是废我军机也”，表示宁可悖忤皇上圣旨，制度局也“必不可开”。一时“朝论大哗，谓此局一开，百官皆坐废矣”，京师甚至谣传康有为欲“尽废六部九卿衙门”。军机处和总理衙门干脆以“不必更立名目，转滋纷扰”为理由，拒绝开制度局。这些“旧臣”得到紧握实权的慈禧太后的坚决支持，根本不把“日日催之，继之以怒”的光绪皇帝放在眼中。设立制度局的主张，终成一纸空文。
由于新设制度局遭到旧部群臣的坚决反对，而各项“新政”又需费孔急，朝廷财政一直困难，左支右绌，于是光绪只能不顾康有为不撤旧部的意见，谕令内阁，裁撤詹事府、通政司、光录寺、鸿胪寺、太仆寺、大理寺6衙门，归并到内阁及礼、兵、刑各部办公。外省裁撤湖北、广东、云南三省巡抚，以总督兼巡抚事等等。此令一下，朝野震骇，以为此举“大背祖宗制度”，皆请慈禧太后保全，收回成命，甚至有老臣在慈禧面前伏地痛哭。所裁衙门奉旨后“群焉如鸟兽散”，如太仆寺的印信、文卷立刻无人过问，甚至门窗都被拆毁无存，犹如经历了一场浩劫，以此作为对裁撤令的抵制和抗议。
