此外，这些行政改革也使京中的许多内阁大学士、军机大臣、六部尚侍，以及地方上的一些督抚、将军大表反对，他们集结在慈禧太后周围，“不谋而同心，异喙而同辞”，使慈禧的zhengzhi力量空前强大。一些守旧大臣最终上书慈禧，请太后“训政”。在强大的旧官僚群体支持下，慈禧终于发动政变，痛斥光绪。随后，立即将“百日维新”期间“皇上所裁詹事府等衙门及各省冗员”悉数恢复，还恢复了被裁的广东、湖北、云南三省巡抚，而将新成立的“农工商总局”则被废去。所谓“维新”，也就是非常有限的行政改革，还是因触犯既得利益集团而以失败告终。
几年后，立宪与革命风生水起，渐成大潮，迫使慈禧也不得不宣布要实行zhengzhi体制改革的“新政”，并于1906年9月1日宣布预备立宪。而且，仅仅过了5天，即9月6日就颁布了改革官制上谕。显然，无论真假，慈禧这次也想走行政改革为先、zhengzhi体制改革在后这样一个“先易后难”的“路线图”了。
这次改官制的要角，是掌握“北洋”大权、在中央兼参预政务处大臣、督办商务大臣、督办邮电大臣、会办练兵大臣等数项重职的袁世凯。自戊戌政变后，袁世凯深得慈禧信任，同时他又以巨金贿买了实权在握的领衔军机大臣、庆亲王奕，加之他在北洋的“新政”又颇有政绩。此次朝廷谕令包括袁世凯在内的14位王公大臣共同制定改官制的方案，袁虽排名最后，但他因有奕支持，同时在负责官制改革机构“编制馆”的关键岗位安插了自己的dang羽，所有文件起草和建议方案最后都要由他阅定。
经过一个多月的准备，由袁主导的官制改革方案出台。由于是为“立宪”预备，所以对官制的改革较为全面。除合并了一些不太重要的部门外，还将原来的内阁、军机处、吏部、礼部、都察院全都撤销，新成立的机构则有资政院、行政裁判院、集贤院、大理院、审计院等，而最重要的，是成立新的、大权在握的“责任内阁”以取代军机处。袁世凯与奕议定，由奕出任未来的内阁总理大臣，自己则任副总理大臣，各部大臣由总理大臣推荐，而且内阁尤其是总理大臣、副总理大臣代替皇帝负责任，皇帝发布谕旨须经内阁副署，若未经内阁副署则不发生效力。这样，皇帝的用人和行政大权统归内阁手中。袁氏想掌中枢大权之野心，几不掩饰。
