其一，因为片面强调考据，导致了许多大学国文系课程明显偏重于训诂考据，而忽略了对文学本身的鉴赏。[11]浦江清在1948年便曾针对清华国文系的课程设置状况评论说：“照目下情形，中文系同学认为中国文学系课程中国太多，文学太少。就是说近于国学系，而非文学系。他们不喜欢训诂、考据，而他们所谓文学的观念乃是五四以后新文学的观念，对于古文学也很隔膜。为爱好文艺而进中国文学系，乃至弄到触处是训诂、考据，不免有‘误入’的感觉，简直可以说是受骗。”[12]
其二，正如英国著名历史哲学家柯林武德所指出的那样，“实证主义在它那工作的这一方面所留给近代历史编纂学的遗产，就是空前的掌握小型问题和空前的无力处理大型问题这二者的一种结合”。[13]确实，由于过于注重史料的整理，反对疏通与推论，“整理国故运动”在某些缺乏史料的问题上，难免显得无能为力。譬如，史语所虽在考古发掘方面取得了相当大的成绩，但是毕竟无法将中国上古史的原貌重新完全复原，而它又向来以所谓“存而不补、证而不疏”相标榜，[14]以至于长期以来，一部完整的中国上古史始终付之阙如。有鉴于此，李济晚年就曾反思说：“历史学家在这一方面，就不能不用些想像的力量。说得简单一些，一个历史学家，不但应该根据科学的事实写历史，同时也应该用文学的手段写历史。……因此，我个人的意见，觉得要预备写一部中国上古史，我们不但要参照铁的事实，也需要若干活的想像。”[15]
其三，因为仅仅局限于考据，“整理国故运动”实际上只是以史料的考订整理为主，属于微观史学的范畴，它欠缺宏观上整体驾驭的能力，更不可能进行高层次的历史哲学思辨，这就很难达到其所谓“重新估定一些价值”的目的。[16]关于这一点，牟润孙曾经十分尖锐地针砭说：“综观此一时期之史学，当其初也，沿袭五四以来之积习，仍多以考据为专业，而偏重材料。……治史者咸致力于寻求罕见之典籍文物，苟有所获，则不问事之巨细，题之轻重，旁徵广引、附会渲染以为文章。……今日史学之衰，在于舍义而言事，抑今之治史者，又往往以追寻琐屑之事为务，诚所谓未闻大道也。”[17]
尤其值得我们今天思考的是，在“整理国故运动”中，以史语所为代表的一些机构与团体，十分强调史学的自然科学化，甚至还为此提出了“要把历史学语言学建设得和生物学地质学等同样”的口号。[18]这一方面，固然大大增强了史学研究的科学色彩；但另一方面，这种将史学径直等同于自然科学的做法究竟是否妥当，则是一个令人深思的问题。客观来看，在史学研究中，引进或借鉴自然科学的一些工具和方法，无疑有助于我们收集与分析史料；不过，作为史学的研究对象，历史本身是既往已逝的，不可直接观察和重复实验，这与自然科学研究对象的可供直接观察和反复实验，无疑有着明显的差异，从而也由此决定了这两种学科的不同特点。因此，如果简单地将史学研究视为自然科学的一种，显然并不合适。而在柯林武德看来，这种看法则“不仅是一种瘟疫性的错误，而且对历史思想本身也是一种经常的危险”。[19]
二、疑古思潮的偏颇
除了考据史学的局限之外，“整理国故运动”的缺失还反映在疑古思潮的偏颇上。
毋庸置疑，由“古史辨运动”所激起的疑古思潮打破了传统的古史观念，揭示了旧有古史体系的不可信，从而在很大程度上可谓凿破鸿蒙、廓清迷雾，给长期处于凝固封闭状态的古史研究领域带来了一股新鲜空气，极大推动了古史研究的进展[20]和中国史学的现代转型，[21]同时也积极配合了当时反封建、反迷信的思想解放潮流的发展。[22]胡绳就曾评价说：“我以为，在一九二五年左右顾颉刚先生在‘古史辨’的名义下进行的一些工作是不应当被抹煞的，在这些工作中表现着的所谓‘疑古’精神是当时的反封建思潮的一个侧面。”[23]李学勤也客观指出：“由中国当时的思想史来考察，疑古思潮肯定是有积极进步的意义的，因为这一思潮的兴起，有利于冲决封建思想的网罗，和后来‘打倒孔家店’也有联系，是起了进步作用的，应给以充分的肯定。”[24]
不过，正如李学勤所同时提出，“我们今天加以回顾，也有必要指出，疑古思潮有其局限性和不足之处，就是说，对于古史，对于古代文化，在某些方面否定过度了，以致造成了古代历史文化的空白。”[25]的确，由于对中国的历史文化缺乏必要的“敬意”，[26]“古史辨运动”也存在着不少的偏颇。
第一，在辨伪的范围和内容上，“古史辨派”陷入了很大的误区。
首先，“古史辨派”在很大程度上，混淆了“辨伪书”与“辨伪史”之间的界限。[27]
