美国著名科技哲学家库恩（Kuhn）在揭示“范式”（Paradigm）之于科学革命的积极意义时，特别强调指出“范式”具有两重性：一方面，它打破了传统观念，开辟了新的思路；但另一方面，它同时也带来了某些固有的限制。尤其是在一个已形成的“范式”中，由于大家往往“把注意力集中在小范围的相对深奥的那些问题上”，这就难免造成了“其视野也受到严格的限制”。[1]由此看来，曾经在民国时期风行一时的“整理国故运动”虽然对中国学术的现代转型做出了很大贡献，但无可讳言，因为受到其“范式”的自身束缚，它也存在着不少缺陷，这集中反映在以下二个方面。
一、考据史学的局限
“整理国故运动”的缺失，首先在于它在受到了考据史学的严重局限，这在胡适身上体现得尤为明显。
正如余英时所精辟指出，“胡适学术的起点和终点都是中国的考证学”。[2]确实，终其一生，胡适的学术研究都不脱考据的色彩，甚至还可谓带有某种“考据癖”。譬如，1928年4月，他在游历庐山之后，写了一篇《庐山游记》。在这篇游记中，他逐一考证了江西纸牌与徽州牌的不同、三叠泉发现之时间、开先寺的来历、归宗寺的传说等一系列问题。或许是自己也觉得其中的考据色彩过于浓重，他不得不在文末附注说：“我作《庐山游记》，不觉写了许多考据，归宗寺后的一个塔竟费了我几千字的考据！这自然是性情的偏向，很难遏止。……我们有历史考据癖的人到了这些地方，看见了许多捏造的古迹，心里实在忍不住。……我为什么要做这种细碎的考据呢？也不过‘心濆涌，笔手扰’，忍耐不住而已。”[3]40年代末，他在自述其读《水浒传》的感受时也承认：“我正看得起劲，忽然我的历史考据癖打断了我的文章欣赏！”[4]
由此可见，因为受到性情与思维惯性的极大牵引，胡适已经形成了某种根深蒂固乃至难以自拔的“考据癖”。而这无疑大大限制了他“整理国故”的视野与成就。
其一，由于研究方法不脱考据，这势必造成他对一些不适于考证的问题无法加以深入的研究。梁漱溟便曾经批评胡适说：“他对佛教找不见门径，对佛教的禅宗就更无法动笔，只能做一些考证；他想从佛法上研究，但著名的六祖慧能不识字，在寺里砍柴、舂米，是个卖力气的人，禅宗不立语言文字，胡先生对此就无办法。”[5]冯友兰也客观评价说：“胡适的《中国哲学史大纲》对于资料的真伪，文字的考证，占了很大的篇幅，而对于哲学家们的哲学思想则讲得不够透，不够细。”[6]
其二，因为仅仅局限于考据学本身，而未能吸收社会科学的其它方法，胡适的考据成就其实也较为有限。唐德刚就曾直言指出：“用这些精密的方法，他可以发前人所未发，把古书里的‘言’字、‘汝’字……分析得头头是道。但是如果碰到……与制度史、社会史有关的字，他那套‘方法’便不够用了。……学者如罔顾社会科学的法则，而专门去倒训诂学、校勘学的字纸篓，那就所见有限了。”[7]
其三，由于陷入了个别史实的琐碎考证，胡适往往忽视了对通史的研究。他自己即曾说：他在二战之后暂留美国，“本意是想把我的中国思想史写成，但写到一个时期，往往被一些小问题牵引去做点小考证，这些小考证往往比写通史有趣味得多，于是我就往往入魔了。把写通史的工作忘在脑后，用全力去做考证”。[8]
更为关键的是，正如周予同所针砭的那样，“史料究竟只是史料而不是史，中国现代社会所企求于史学界的是新的史学的建立与新的史籍的产生，而决不仅仅满足于史料的零碎的获得”。[9]然而，因为过于注重个别史实的考证，一味笃信“见树不见林”的“实验主义”，笼统排斥一切“史观”，胡适显然无法揭示社会发展的客观规律，从而难以满足当时人们的精神需求。梁漱溟就批评说：“先生不承认封建制度、封建势力的存在，但……全不提出自己对中国社会的观察论断来，亦太嫌省事！中国社会是什么社会？封建制度或封建势力还存在不存在？这已成了今日最热闹的聚讼的问题，论文和专书出了不少，意见尚难归一。先生是喜欢作历史研究的人，对于这问题当有所提示，我们非请教不可。……我向不知学问，尤其不会作历史考证功夫，对此题非常感到棘困；如何能一扫群疑，昭见事实，实大有望于先生！”[10]但对梁漱溟这番质问，胡适却一直未能做出正面的回答。
与此同时，考据史学在胡适身上所暴露出的各种局限性，同样也贯穿了“整理国故运动”的始终。
