第三，袁世凯及部分政界人员。对孔教会之“创教”，袁世凯也不尽认同。（注：关于袁世凯与孔教会的关系，参见拙著《陈焕章与民国初年的国教运动》，《近代史研究》2003年第5期。）在袁先后颁布的尊孔令中，强调的是孔教“正人心”，“齐民以德之效”，如袁在1913年的《尊孔祀孔令》中说：“惟此礼义廉耻之防，欲遏横流，在循正轨，总期宗仰时圣，道不虚行，以正人心，以立民极。”同年，代表袁出席孔教会在国子监举行丁祭仪式的梁士诒，在会上发言说，孔教“道之于德，齐之于礼，……深望社会上有贤人君子出，而道民以德”，“俾收齐民以德之效”（注：梁鼎芬：《三水梁燕荪先生年谱》，沈云龙主编《近代中国史料丛刊》正编第75辑(743)，台湾文海出版社。）。而且，当1914年袁恢复祭天大典时，基督教传教士认为袁此举是以政府行为提倡孔教，但“袁世凯说：‘政府要想着重指出，孔夫子的伦理道德原则乃是教育的一部分。’因为孔教没有什么神秘的或神学的色彩……”（注：（美）芮恩施：《一个美国外交官使华记》，商务印书馆，1982年，第26页。陈春生：《基督教对于时局最近之概况》，《中华基督教会年鉴》1914年第1期，中国教会研究中心橄榄基金会出版。）
对孔教持异议者，还有其他政界人士。如在1913年孔社举行的庆圣诞典礼上，副总统代表胡瑞霖便明确反对孔教，对“以孔子为宗教”之主张“不以为然”，且“尤望全国人士勿以宗教家狭视孔子”（注：《副总统代表胡瑞霖君演说词》，《孔社杂志》第1期。）。
第四，新文化运动人是最激烈、彻底的反对孔教者。1912年，教育总长蔡元培就鲜明指出，“忠君与共和制度相悖，尊孔与信教自由相违”，尔后，蔡氏也驳斥孔教，以为孔教同宗教的本质“相刺谬”（注：蔡元培：《提议以内务部之礼教司移入教育部案》，中国蔡元培研究会编《蔡元培全集》第2卷，浙江教育出版社，1997年，第72页。），且孔子既无神秘思想，也无“形而上之人生观及世界观”（注：蔡元培：《致许崇清信》，《新青年》第3卷第3号。），故孔子与宗教，“两不相关”（注：蔡元培：《在信教自由会之演说》，中国蔡元培研究会编《蔡元培全集》第2卷，浙江教育出版社，1997年，第494页。）。
当第二次国教运动再度喧嚣时，新文化运动兴起，其斗争之矛头直指孔教（注：“民国四年以前，打击正统思想的箭头，还没有特别指向孔子。但民国五年春，随着袁世凯复辟帝制的进行，反孔运动便正式揭幕。”周策纵：《五四运动：现代中国的思想革命》，江苏人民出版社，1996年，第413页。），将思想上的反对孔教与政治上的主张民主紧密结合起来。陈独秀以为“夫‘孔教’二字，殊不成一名词。……其实道家之老子与儒家之孔子，均非教主，其立说之实质，绝无宗教家言也”（注：陈独秀：《再论孔教问题》，《陈独秀著作选》第1卷，上海人民出版社，1993年，第254、253页。）。孔教“是教化之教，非宗教之教”（注：陈独秀：《驳康有为致总统总理书》，《陈独秀著作选》第1卷，上海人民出版社，1993年，第215页。）。而且，“人类将来真实之信解行证，必以科学为正轨”，因此，“一切宗教，皆在废弃之列”，主张“以科学代宗教”（注：陈独秀：《再论孔教问题》，《陈独秀著作选》第1卷，上海人民出版社，1993年，第254、253页。），宣称与现代生活不相容之孔教“不可不有彻底之觉悟”（注：陈独秀：《吾人最后之觉悟》，《陈独秀著作选》第1卷，上海人民出版社，1993年，第117-179页。）。
