二
孔教是宗教，褒者众，贬之者也不乏其人，此构成了与孔教对峙的另一阵营。该阵营人员构成较前者更为复杂，反对之理由也不尽相同，略为以下几类：
第一，部分主张保存民族文化的人士。时国学大师章太炎即是非议孔教、颇具影响之代表人物。1897年，当“梁卓如等倡言孔教”时，章氏就“甚非之”（注：章太炎：《章太炎先生自编年谱》，上海书店出版社，1986年，第3页。）。1912年，章氏在国学会的讲学处墙壁上贴通告（注：章太炎：《示国学会诸生》，汤志钧编《章太炎政论集》下册，中华书局，1977年，第697页。），宣称与孔教会划清界限，并明确指出“孔子于中国，为保民开化之宗，不为教主”，反对孔教是宗教。
章氏亦从根本上否认康、陈宣称圣人以神道设教的观点，认为“《易》称圣人以神道设教，斯即盥而不荐禘之说也，禘之说孔子不知，号曰设教，其实不教也……”驳斥孔教会“创教”的依据。此外，章氏以为从古文经的角度出发，以为六经皆史，“盖孔子所以为中国斗杓者，在制历史、布文献、振学术、平阶级而已”，而不是教主（注：章太炎：《驳建立孔教议》，汤志钧编《章太炎政论选集》下册，中华书局，1977年，第688-692页。）。故有学者以为，民初“儒家是否为宗教的辩论，是清代今古之争的继续发展”（注：董克武：《民国初年孔教问题的争论》，《国立台湾师范大学历史学报》第12期，第206页。），而今古文之争确随着孔教之争又重新燃起（注：艾恺：《梁漱溟——以圣贤自许的儒学殿军》，姜义华等编《港台及海外学者论近代中国文化》，生活·读书·新知三联书店，1989年版，第543页。）。时从古文经的角度反对孔教者，不在少数，如章士钊就属其中，章认为“孔子夙非教主，其言绝非教质”，“且口说所垂，删订所著，皆已转诸门人……至于岁时致祭，享以太牢，亦不过儒士趋跄，以尊其师，诚犹鲁班轩辕萧何之各得崇拜”，故孔教“本非教也”（注：秋桐：《孔教》，《甲寅杂志》第1卷第1号。陶庸：《孔教与耶教》，《甲寅》第1卷第3号。），显然是站在古文经的立场上，反对孔子是具有神秘思想的教主。
而身份颇有些特殊的梁启超——作为康有为的学生，列名孔教会、参与国教请愿，却以文化守成主义者的身份非议孔教。因梁认为孔教之教是教化之“教”，非宗教之“教”。而所谓“创教”，在梁氏看来即是将儒家文化中的信仰功能，通过现代诠释，以在新政体下规范社会秩序。在孔教会举行的国子监丁祭上，梁即表达了此观点，希望通过孔教会成员遵守与践履儒学道德条文，成为真正的“君子”，以作为社会道德的示范。
第二，某些社会团体的反对。孔社是参与争论、与孔教会对峙的一个尊孔组织。孔社认为以宗教尊孔，反使孔教“狭之”、“亵之”，宣称“孔学之发达，自应以本社为权舆”（注：《孔社杂志》第1期。），其社长徐琪曾明确反对“以宗教推孔子”，因孔子之道已深入人心，贩夫走卒“已在孔子范围之中”，何必定要拘泥宗教之仪式（注：徐琪：《孔社杂志弁言》，《孔社杂志》第1期。），如是，则“反以亵之乎”（注：《书后》，《孔社杂志》第1期。）。
孔社对孔教的驳斥，代表了当时部分尊孔者的观点。时《京津时报》即刊文指出：孔子之道，“如布帛菽栗，举世衣被饮食而不知”，而“侪之于神鬼之无门，巫医之小道”为尊之手段，其结果必使“圣道之遭鲁莽而灭裂也”（注：《书后》，《孔社杂志》第1期。）。可见，同是尊孔，但主张却迥异。
