“盈天地皆气”和“盈天地皆心”这两个观点是黄宗羲哲学思想的基本命题，他由此而构建了理气心性合一的哲学本体论。在这个问题上，充分展示了黄宗羲作为大思想家，具有超乎前人的杰出的哲学思辩才能。在他的这个哲学本体论中我们可以看到两个融合：
一是他的理气心性合一的哲学本体论，把运动着的物质世界（气）、事物发展规律（理）、人类社会的感性世界（性）、构成人们知识体系的理性世界（心）很好地融合起来了，并且将这四者的本末、因果、体用的关系十分清晰地揭示出来，开辟了儒家哲学本体论的新境界；这不仅在当时是十分先进的，即使在今天看来也是恰当的。
二是把中国哲学史上关于世界本体论的各方面的合理思想融合起来了，无论是心本体、气本体、理本体，黄宗羲将它们中的合理内核都游刃有余、而不是生搬硬套地包容在自己的这个哲学本体论中了，这是一般的思想家所难以做到的，也是其后的思想家很难超越的。他的这个本体论思想，对于我们今天丰富和发展马克思主义的哲学本体论也具有重要的参考价值。
从儒家的“和谐文化”的意义上来看黄宗羲这个理气心性合一的世界本体论，其重要的理论意义就是为诠释“天人合一”、“人我合一”、“身心合一”的“和”的世界观提供了一个精致的哲学理论体系。因此可以说，黄宗羲的哲学思想，既是对儒家“中和”哲学最好的终结，又为构建具有近代意义的中国“和谐”哲学理论体系开启了大门。
（二）黄宗羲提出了建立“天下为主，君为客”社会改革方案，在建设“和谐”的政治制度上提出了新设想。
黄宗羲是明亡的亲身经历者。作为士族子弟，他在一系列抗清活动失败后，从总结明亡教训的角度写成《明夷待访录》。在这部著作及前十年所写的《留书》中，他对专制政体作出了初步的反思，对封建帝王的专制独裁进行了激烈的批判，对未来社会如何建立和谐的政治体制作了有益的思考。
首先，黄宗羲对为君之道进行了论述，说明了君主在保障社会和谐中的基本职责。黄宗羲从人的本性与国家起源的角度分析了君主设立的社会原因。他认为君主产生于人脱离了动物式的蒙昧走入初民社会时期公众兴利除害的需要。他说：“有生之初，人各自私也，人各自利也。天下有公利而莫或兴之，有公害而莫或除之。有人者出，不以一己之利为利，而使天下受其利；不以一己之害为害，而使天下释其害；此其人之勤劳必千万于天下之人。”⑨这就是说，由于人的本性是自私自利的，因而就会造成社会各方面关系的不和谐，君主的产生正是为了克服人自私自利的本性，从而为保持社会和谐服务的。君主的职分，是为群体谋利益而不是为一己谋利益。后来人争君主之位，是因为君主的职分改变了：
古者以天下为主，君为客，凡君之所毕世而经营者，为天下也。今也以君为主，天下为客，凡天下之无地而得安宁者，为君也。⑩
今世的君主，为得到君位，不惜毒害天下百姓为其争夺权位；得到政权后，也不惜毒害天下百姓去保有其政权，因此，黄宗羲愤而抨击曰：“然则为天下之大害者，君而已矣。”B11
其次，黄宗羲对君臣之道进行了探究，提出“在万民之忧乐”是保持君臣和谐关系的准则。他认为：因为天下国家之大，非君一人所能治，必须设官分担治国之责。人之为臣，是为天下，非为君；为万民，非为一姓。所以，着眼于天下万民，于天下万民为不义不利之事，即使受君主强迫，臣下也不应去做。黄宗羲对于所谓治乱有一个非常卓越的见识：
“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐。”B12
作臣子的，不懂得这个道理，不从万民之忧乐着眼，即使能辅佐君主而治，或为君主死节，都不合于臣道。
其三，黄宗羲对治国之道进行了批判，提出应当以“藏天下于天下者”的原则来建立国计与民生的和谐关系。黄宗羲对封建专制的批判矛头也指向古今法制。他所谓法，不限于法律法令，也泛指国家制度设施等。黄宗羲比较三代之法和后世之法时认为，两者的根本区别是，前者为公法，后者为一己之私法。一己之私法，创法者固为私，变法者亦未始不为私。在私法之下，即使有能治之人，其所治亦在私法的范围内。黄宗羲指出，法之为公为私是最大关节，“有治法而后有治人”。为公之法，法之外另有大空间。在公法下，正确的行为固为法所许，不正确的行为也不致招致罪名，为法所害。
