对于黄庭坚这样一位在当时极有影响，作品又很丰富的作家来说，尽管已有《内集》和《外集》两种著作面世，但不可避免地仍会有部分文字散落各地，其全集的编纂必然需要经过一个比较漫长的历程。因此继《内集》《外集》之后，又有黄氏子孙黄㽦编纂的《别集》问世。《别集》的编纂缘由，诚如四库馆臣所谓“盖《外集》继《内集》而编，《别集》继《内》《外》两集而编”(同上)，是在《内》《外》二集的基础上进一步收集黄庭坚作品，完善黄氏文集的重要举措。
编者黄㽦，字子耕，号复斋，《宋史》卷四百二十三有传。曾从郭雍、朱熹问学，“熹深期之，而㽦亦以道自任，反复论辨，必无所疑然后止。”所著有《复斋集》。叶适《黄子耕墓志铭》：“给事中廉，曾祖也；户部尚书叔敖，祖也；朝散大夫埜，父也。太史庭坚字鲁直者，从祖也。”[21]前文尝引《山谷先生年谱》卷一“先祖尚书少蒙先生友爱，盖尝编类诗文”云云，可证山谷堂弟黄叔敖一系本就十分重视山谷诗文的收集整理，至黄㽦为山谷编纂《别集》，撰写《年谱》，就很容易理解了。关于《别集》的编纂，黄㽦《豫章别集跋》交代了其编纂的动机、过程和主要内容：
右先太史《别集》，皆今豫章前、后集未载。盖李氏所编，多循洪氏定次旧本，故《毁璧序》所以不录，而《承天院塔记》实兆晚年之祸者亦复逸遗。又曾大父《行状》虽已上之史官，未著于世。㽦不肖，窃闻先训，用是类次家所传集，博求散亡，得八百六十八首，为诗七十六，铭、赞、颂六十九，序、说、记四十二，律赋、策问五，笺注二，书、表、奏状、启二十八，杂著六十五，疏、词、文三十四，行状、墓铭、表二十四，题跋二百有三，书简三百二十，合为十九卷。凡真迹藏于士大夫家及见诸石刻者，咸疏于左。一时裒集，尚惧遗阙，嗣是有得，当附益之。淳熙壬寅二月二日旦，诸孙㽦谨识。[22]
笔者所录这篇跋语出自清乾隆三十年缉香堂刊《山谷全书》。据这篇跋语所言黄㽦所纂《别集》应当是十九卷，缉香堂本《别集》也确为十九卷。但是这里存在一个版本问题需要引起注意。因为明弘治、嘉靖递修本《豫章黄先生文集三十卷外集十四卷别集二十卷简尺二卷词一卷》，从书名上亦可看出嘉靖刻本《别集》为二十卷本。明万历间李友梅《重刻黄文节山谷先生别集》，承嘉靖刻本而来，亦作二十卷。光绪二年卢秉钧刊本《黄诗全集》卷首所附此跋自“得八百六十八首”以下作“得八百八十一首，为诗七十六，铭、赞、颂七十，序、说、记三十三，律赋、策问五，笺注二，书、表、奏状、启三十四，杂著六十七，疏、词、文三十四，行状、墓铭、表二十四，题跋一百九十九，书简三百三十七，合二十卷。凡真迹藏于士大夫家及见诸石刻者，咸疏于左。一时裒集，尚惧遗阙，嗣是有得，当附益之。淳熙壬寅二月旦，诸孙㽦谨识。”从卷数上与嘉靖、万历刊本相合。而源自缉香堂本的清同治冲和堂《(重订)宋黄文节公正集三十二卷卷首四卷外集二十四卷别集十九卷》以及清光绪二十年义宁州署刊本《宋黄文节公全集》则明确标明《别集》为十九卷。笔者限于学力和资料的匮乏，实无法确认到底是黄㽦本人还是他人曾经对这篇跋语进行过修订。不过，鉴于宋陈振孙《直斋书录解题》卷十七曾著录《豫章别集》二十卷，且“犹不失宋本之遗”的嘉靖本作二十卷，又树经堂刊本《山谷别集补》有谢启昆《别集补目录跋》云：“宋本《豫章黄先生别集》二十卷，黄子耕跋云：‘先太史《别集》，皆今《豫章前后集》未载。’”大致上可以判定黄㽦原本应为二十卷，乾隆缉香堂重新修订时更改为十九卷。而不是先有十九卷，后人增补为二十卷。
简言之，至黄㽦时，黄山谷文集的内、外、别三集全部编纂完毕，黄庭坚一生所作的绝大部分诗文都已搜罗殆尽，而且其中没有伪作，因此，这套文集成为后世传世的黄庭坚文集的主要本子。遗憾的是，除李彤修订过的《内集》即《豫章黄先生文集》三十卷，有《四部丛刊初编》影印宋乾道本外，《外集》仅存宋刻残本六卷，《别集》则未见宋本流传下来。
这一系统的黄集版本，在明嘉靖之前，并未完全合在一起刊刻，至少没有与《简尺》《词》和《年谱》及黄庭坚之父黄庶所撰《伐檀集》合刻。首次将这些作品辑在一起予以刊刻的，就是我们现在还能见到的由叶天爵、乔迁、余载仕等递修的弘治、嘉靖本。弘治、嘉靖本的编刻在黄庭坚文集传播史上意义重大。关于这次整理刻印，明查仲道《山谷全书书后》云：
是编之全，乃吾姻亚卿来轩周公与其伯兄都宪南山公，昔宦游于朝、于浙、于蜀，博求诸荐绅士夫家，传写之群书故牍中，章积篇累，历十数载，仅全此书。珍藏以归，谋刻诸前守婺源叶君天爵，垂成，适乙丑叶以忧去。中更数守，属时多事，向未讫工。自乙丑至今，荏苒廿馀载，而版之蠹蚀将半，几为朽木矣。惟时大巡西蜀徐公按吾江右，雅重名教，荐檄州郡，拳拳于先哲文献是征。而吾守湖南乔君迁适至，欣然从事，悉心规画，遂命庠士王朝宗、查应元辈复求善本，重加校刻。越数月始克告成，而人人喜获睹全书为幸。[23]
参考徐岱所撰《黄先生全书序》、周季凤所撰《黄先生全书序》及《重刊涪翁文集跋》，大致可知，明弘治中，宁州(即今江西修水)人周季凤、周季麟兄弟在朝中为官，有感于黄山谷文集湮没不彰，遂留意于搜集抄录，终于从内阁中抄得宋蜀人所献《正集》三十卷、《外集》十四卷、《别集》二十卷、《词》一卷、《简尺》二卷、《年谱》三十卷，凡九十七卷。因交与宁州知州叶天爵开雕刻印，弘治十八年(1505)，叶天爵以亲丧去职，事遂中断，中经数守，未能讫工，版本残破，几为朽木。周季凤只好另抄一部，挟之以游四方。嘉靖五年(1526)，笃好山谷诗文的监察御史西蜀徐岱巡按江西，时建昌郡丞余载仕摄宁事，因嘱其继续刊刻，周季凤闻之，因又将所藏抄本交出，适新守乔迁至，主持其事，遂于嘉靖六年(1527)完成刻印。
这部弘治、嘉靖递修本《黄先生全书》，全称为《豫章黄先生文集三十卷外集十四卷别集二十卷简尺二卷词一卷伐檀集二卷山谷先生年谱三十卷》，共计九十九卷。此书将当时传世的绝大多数黄庭坚作品辑在一起，予以刊布，且保存着部分宋刻讳字的缺笔，《艺风藏书记》卷六说此本“犹不失宋本之遗”，《嘉业堂藏书志》卷四说“犹不失宋本之规模”。此前山谷《别集》《简尺》，黄㽦《山谷先生年谱》及黄庶《伐檀集》均无单行本流传，幸赖此本而得以延续。除乾道本《豫章黄先生文集》外，我们已基本无法见到宋元旧刻山谷集的原貌，而这个版本就成为我们所能见到的时间最早的三集合刻本。可见该本在黄山谷文集流传史上占有多么重要的地位。此后所有的黄氏三集合刻本，尽管每次均有程度不同的修订，但追溯其最初源头，都可归集到这个本子，此足以证明其重要价值与意义。
弘治、嘉靖递修本似乎刻印量不大，流传亦不广，至万历时已经颇为难求。故宁州知州方沆当时有“因求太史之真迹，业已散之四方，譬则天球河图之珍，人间不复快睹”之叹[24]。于是邀集周季凤族孙周希令等再刻黄集。这就是万历三十二年(1604)刻本《重刻黄文节山谷先生文集》，但当时方沆等只刻了《正集》三十卷，而未刻《外集》和《别集》。这个版本虽然从弘治、嘉靖本递刻本而来，但与前者相比，有了较大改变，不仅书名与前者不同，而且调整了部分作品的编排次序，将词附于诗后，又“补阙删繁”，将原本《简尺》中“其文之有关系者”与当时行世之《山谷老人刀笔》中的部分书信合在一起，刻入集中。并且由于经过“校订而厘正”手续，在文字上与弘治、嘉靖本也时有不同。万历四十二年(1614)，李友梅知宁州，又以弘治、嘉靖本为底本校勘刻印了《重刻黄文节山谷先生外集》十四卷和《重刻黄文节山谷先生别集》二十卷。这个本子总计六十四卷，由于删除了原弘治、嘉靖本中的《简尺》等内容，故其价值远逊于前者。后世以万历刻本为底本进行翻刻的版本不多，仅有同样刻于万历时期的王凤翔光启堂《重刻黃文节山谷先生文集》三十卷。
令人惋惜的是，万历本也同样流传不广。所以当乾隆二十七年(1763)宋调元量移分宁，满怀希望，以为可以尽读山谷文集时，所遇却是“不特古板蔑如，即故家所藏断简残编亦几珍秘，不轻示人”[25]，因而再起翻刻黄集之志。于是广求嘉靖、万历旧刻，于乾隆三十年(1765)，重刻《宋黄山谷先生全集》，这就是在后世影响深远的江右宁州缉香堂刻本。这个本子虽然是承弘治、嘉靖及万历本而来，但编刻者对其卷帙、篇目等作了大幅改动，增添其卷次为《正集》三十二卷、卷首四卷、《外集》二十四卷、《别集》十九卷，加上《伐檀集》二卷，总计八十一卷。编者在弘治、嘉靖及万历本基础上作了很多辑佚工作，《正集》不仅卷帙由原来的三十卷增加为三十二卷，而且搜集补遗，增加了原本中没有的很多作品。如卷十二辑录赋十九篇，较原本多出九篇。该本还增加了原来没有的论、传等类目，分类更加合理。另外，这个版本还收集黄㽦《山谷先生年谱》及任渊、史容、史季温的注文，将有关作品时地的考订移于诗目之下，颇便研读。此本的刻印，重新奠定了此后黄庭坚内外别三集合刻系统的基础。此系统的衍生刻本主要有清同治七年(1868)江西义宁冲和堂所刻《宋黄山谷先生全集》和清光绪二十年(1894)义宁州署所刻《宋黄文节公全集》。黄寿英《光绪重刊黄文节公全集跋》云：“规模体制，一以缉香堂为准，惟将行世《刀笔》及墨迹、石刻，凡全书中所未收者，悉为补刊，名曰《续集》。”该本最大的特点是在缉香堂本的基础上，将行世《山谷老人刀笔》中嘉靖、万历和缉香堂本中未收的书札，以及校刻者从石刻、墨迹中辑录的部分作品辑成《续集》十卷。仅就所收作品篇目数量而论，光绪义宁州署本超过了此前的所有刻本。该本中的《续集》确实具有重要价值。刘琳先生等整理，四川大学出版社2001年出版的《黄庭坚全集》就是在此本基础上校勘、辑佚而成。
在洪炎、李彤、黄㽦等编纂的正外别三集之外，宋孝宗乾道间坊间还编有一种《类编增广黄先生大全文集》，麻沙本，五十卷，据刘仲吉宅藏本编刻。“目录卷下”末页有牌记云：
麻沙镇水南刘仲吉宅近求到《类编增广黄先生大全文集》，计五十卷。比之先印行者增三分之一。不欲私藏，庸镵木以广其传。幸学士详鉴焉。乾道端午识。[26]
所谓“求到”云云似为托辞，很可能是刘氏出于商业目的而自编。全书所收包括赋一卷、诗二十二卷、杂文二十六卷、乐章（词）一卷，又细分为一百三十门。分类琐细，体例驳杂，无论是从所收作品的数量还是校勘的水平来看，均无法与居于正宗地位的内外别三集相提并论。比如该书经常对作品标题予以简化，缩短字数，若不与三集系统的作品仔细比对，极易令人误以为该书收录了三集本中未收的作品。
