曾国藩向户部报销军费，也遭勒索四十万两
晚清官员贪污成风的主要根源在于当时的社会特别是政府制度。清朝社会制度的基本框架仍是中世纪的宗法制农业社会，这类社会的分工相对地说比较简单，人们上升的资源基本上仍掌握在政府官员手中。被视为出身“正途”的科举直到1905年才废除。
由于传统的巨大影响，即使在工商或其他领域事业有成的人士，也以得到官衔作为正式进入上层社会的标志。现代工商企业的发展是这类社会赖以蜕变的基础。可是，它当时还在襁褓阶段。不但官办企业处处依赖政府，就是民间企业，在1901年实行新政以前基本上处于无法可依的状态，离开官府往往寸步难行，于是，垄断资源的官府便成了贪污滋长的温床。
制度的缺陷更集中地体现在政府机构的运作上。清帝国各级衙门的运作有繁多的法例和惯例，并有几个突出的特点：
第一，礼仪繁多。礼是中国传统文化的核心观念之一。与此相适应，历代都把烦琐的礼仪视作安邦治国的大事，清代衙门的运作规则中很大一部分也属这一类。官僚们互相动用公帑请客、送礼、看戏等费用都是合乎“礼”的大开支。
例如，1842年初原闽浙总督颜伯焘被革职后途经漳州回广东家乡。“随帅兵役、抬夫、家属、舆马仆从几三千名……酒席上下共用四百余桌。”搬运搜刮来的物资等历时十多天“扛夫过境，每日总在六七百名”。招待费用全由当地官府负担，“实用去一万余金”，当地财政困难，只好虚报乡勇一千二百名的粮饷去填补。（张集馨：《道咸宦海见闻录》）已革官员过境尚且如此，在位者过往更可想而知。且这些交往通常都要馈赠厚礼，而诸如此类变相行贿受贿的公务是官场司空见惯的。
第二，制度不严密，甚至有重大的缺陷。以财政收支来说，直到灭亡前一年，清政府才试行编制预算。政府的收支虽不能说没有法例可依，但有许多可以上下其手的漏洞，于是送礼和纳费(给有关官员私分的费用)便成了弥缝补苴所必需。
有清一代，军费一直是最大宗的支出。平常年份，供养80多万八旗兵和绿营兵的费用已约占中央财政总支出的70%，战时支出更加惊人，军费报销成了贪污的渊薮。咸同之际，福建不是主要战场，但“军需款目，至一千数百万之外，部费即须十余万”。这为数不菲的部费固然是户部官员的美食，那一千多万支出也有颇多早已纳入地方官吏私囊。仅一位署理知州“开销募勇防堵数万，闻当日只雇勇一二百人”。（同上，278页。）
权倾一时的曾国藩、李鸿章也曾为军费报销中的“部费”困扰。镇历太平天国与捻军的军费报销时，户部书吏索价四十余万，他们仅愿出八万。最后他们上奏慈禧，得到“着照所请，该部知道”的朱批而不必交户部再核议，才按八万两的低价了结此桩公案。（《曾文正公全集》；《曾国藩全集》家书二）这些都是没有建立严谨的财务和报销制度的恶果。
这类制度缺陷更突出地表现在税收上。清帝国以“永不加赋”自诩，但各种附加往往超过正赋，加上官绅勾结，重负转嫁给贫户，与“依率计征”背道而驰。厘金制度建立后，情况更加混乱。从厘卡的设立到厘捐的高低都无严格的标准，而洋货则可以免厘，这就为官商双方行贿受贿留下广阔的空间。
第三，薪俸制度不合理。光绪元年奉天将军上奏：“奉省贿赂公行已非一日。原情而论，出于贪墨者犹少，迫于穷困者实多。”如将军养廉原定二千两，因财政困难，层层扣减，“实数不过二百余金矣，借此从公，万难敷衍，不得已设为名目，取给下僚，陋规相沿，实一大弊”（《皇朝续文献通考》卷七十三。）这一情况各地皆然。而陋规一旦成为定例，官吏可以从中渔利，要革除陋俗，建立健全的财政和薪俸制度便困难重重了。
