三星堆遗址的突然消失，给人们留下了很多待解的谜团。有猜测说：“三星堆的消失可能是外族的入侵。”还有猜测认为是受到洪水的侵袭，族人全部外迁所致。所有这些都是人们的猜测。金沙遗址的发现似乎可以解开一些三星堆突然消失之谜。
此外，金沙出土的22厘米的青玉琮在众多的玉琮中显得尤为突出，它的颜色为翡翠绿，雕工极其精细，表面有细若发丝的微刻花纹和一人形图案，上面的微雕图案令人叫绝，堪称国宝。
整个玉琮分为十节，玉琮上雕刻有40个人面纹和一人形图案，人体肥胖，头上戴有一个冠饰，双臂平举，两臂上都有一个上卷的羽毛形装饰，双脚叉开，长袖飘逸。整个玉器为青色，玉质非常温润，呈半透明状。从造型风格看与良渚文化完全一致。
成都市文物管理委员会谢辉在谈到对金沙遗址出土部分玉器的几点认识的时候曾表示，金沙遗址青玉琮与良渚文化的玉琮仔细研究发现二者之间仍存在一些差异：首先质地不同，良渚文化的玉材多为鸡骨白，金沙遗址的是青玉；其次造像风格不同，目前在良渚文物中还没有发现青玉琮的造像风格的图案。
谜团三：如此高的文明为何没有文字？
金沙遗址出土的大量金器、玉器都显示出了当时精湛的工艺，可是这种高度的文明到目前为止仍没能找到任何 的文字，难道当时没有文字？
王仁湘说：“商代晚期至西周时期，并非没有文字，殷墟甲骨文是最好的证明。”在殷墟甲骨文没有被发现之前，人们并不知道商周有文字存在。在殷墟出土的龟甲、兽骨上可以发现，商代晚期商王室及其他商人贵族在龟甲、兽骨等占卜材料上记录了大量的与占卜有关事项的文字，也包括少数刻在甲骨上的记事文字。这个时候人们才恍然大悟，原来商周不仅有文字，而且相当的成熟。
虽然目前金沙遗址中发现的卜甲上并没有发现任何的文字，但不代表这里没有文字存在，
我们现在挖掘的仅是金沙遗址的冰山一角，还有更多有价值的金沙文化有待进一步的发掘，文字并不一定都刻在卜甲上，它很有可能在其他的可以刻字的材质上。没有发现并不代表没有，将来的情形还不好说，现在还不能下定论。还有可能是因为保存的关系，流失了很多。比如有可能把文字刻在树叶或者是树木上，虽然现在看到的大多都是刻在卜甲、铜器上的，但不能认为只有卜甲或者铜器上才会有这样的文字。</P孙华认为，有没有文字有不同的说法。按照文献的说法，确实没有文字记载。此前有一种说法，一个名叫尸子的人曾在蜀国著书立说，如果当时没有文字的话就不可能会有这样的说法。但是，这种说法目前还没有得到证实。
在四川也没有发现像楚国那样的帛书、竹简这些文物，但在四川商代晚期，还是可能有文字的，那时流传着一种“巴蜀符号”，但这种符号究竟是不是文字，目前还没有定论。
