此案一出，官场风波顿起，众臣几乎群表反对。反对主要来自两方：一方是以军机大臣铁良、荣庆等为主角的满族亲贵。取消军机处，尽管他们可能另外任职，但权力毕竟要大大削弱。在一次会议上，醇亲王载沣竟拔出手qiang直抵袁世凯胸前大声说：“尔如此跋扈，我为主子除尔奸臣！”经奕调解，方才作罢。由于传说内务府也要裁撤，所有太监都要裁去，有次袁下朝时百余名太监将他团团围住大声谩骂，有的甚至挥拳要打，几成围殴之势。袁招架不住，急忙大呼奕过来为其解围。经奕百般劝解，并保证绝不裁撤太监，太监们才忿忿而去；另一个主要反对力量来自以瞿鸿銻、岑春煊、王文韶、赵炳麟等为要角的汉族大臣、御史。他们有的一直与袁争权，有的对袁结dang营私愤怒已久，有的认为改官制是“用夷变夏”，有的则认为这次改制完全是弄虚作假。他们中有人上折慈禧指出，所谓“责任内阁”既不对皇上负责又无议院负责，只是统揽了过去皇帝的权力，而实为袁世凯专权，“立宪精神全在议院，今不筹召集议院，徒将君主大权移诸内阁，此何心哉！”还有人指出，袁之所以在没有成立议院时就先成立使皇帝居于无权地位的“责任内阁”，主要是考虑一旦慈禧去世，光绪复出，也无法报戊戌之仇。光绪就曾当面对袁冷冷说道：“你的心事我全知道。”这样，从王公亲贵、大小太监到大臣御史，尽管观点不同，但几乎全都反对袁世凯的改官制，不是到慈禧处哭诉哄闹，就是不断上折，天天鸡飞狗跳。向来滥施淫威、杀伐决断的慈禧此时居然也寝食难安，向人诉苦道：“我如此为难，真不如跳湖而死。”
而袁世凯可能也过高估计了慈禧对自己的信任，在慈禧召见时，竟然面奏要求朝廷令守旧大臣退休，结果招致慈禧怒斥，并将参劾他与奕的弹章交二人同看。此时，袁才知道自己已成众矢之的，局势非常险恶，慌忙以检阅新军、南北秋操为名请调出京，以避锋芒。
袁世凯离京后，慈禧命令其余厘定官制的大臣继续制定改革方案。11月6日，朝廷发布裁定中央官制上谕，少数旧部被裁并，但多数未动，只是改名，军机处仍旧保留而不设责任内阁。最重要的是，在实际所设11部的13个大臣、尚书中，满人占7席，汉人仅占5席，蒙古1席；以“满汉不分”的名义打破了“满汉各一”的旧例，虽然以前的“满汉各一”也是满族人掌实权，但毕竟在形式上满汉平衡，汉族官员心理上更易接受。而现在是形式上的“满汉平衡”被打破，汉族官员的心理平衡也随之打破。几年后，辛亥革命爆发，不少汉族督抚宣布独立，也可能与此不无关系。
