根据国家文物局的部署，北京市文物部门正在进行第三次全国文物普查。已经进行了两年多的田野调查，180余名一线普查队员实地调查文物点2000余处，普查新发现不可移动文物700余处，为发掘古都北京的历史文化内涵做出了贡献。
此外，北京文物部门还在着手进行大运河调查保护和长城资源调查。正在开展的大运河专项调查和保护规划编制工作，目前已组织专家初步确定了运河相关遗产名单，涉及文物遗产100余处；北京市于2006年4月正式启动了北京段长城保护工程，在全国率先开始长城资源调查，并于去年底完成了明代长城的测量工作，其他时期的长城情况仍在调查中。
