在距今5300-4000年的良渚遗址区内发现的面积290万平方米的古城，去年11月被认为是同时代中国最大城址，但日前，这一重大考古发现又有争议传出，良渚课题权威、浙江省社会科学院历史所林华东、罗以民等人认为，新发现“良渚古城”一说不能成立，它并非“良渚文化”遗存，甚至也不是其他时期的古城城墙。它有可能是宋代以后的水坝。
专家主要对以下几点提出质疑，以往发掘到新石器古城墙多为泥土夯实而成。而此次发掘遗址中，用于“古城”铺底的石块非新石器时代技术发展水平所能完成。同时，四个考古发掘点呈现的工程质量也并不完全一样，有的地方夯筑的黄土的确很纯净，有的地方夯土内就夹有许多石杂物，包括许多良渚夹砂陶片和黑陶。根据出土石块的风化程度，专家认为，石头开采时间的上限不可能超过宋代。虽然考古负责人刘斌对此解释说：“他山之石可以攻玉，加工石块可以用玛瑙划的方式。”但实验表明，此类火成岩石块，在新石器时代，人类还不足以对其进行切割，如果是用火烧，再泼水，使之裂。但石头没有火烧痕迹。
另一理论依据为，良渚古城所在，历史上曾发生多次洪涝灾害，为何能历久而不倒。另外，从目前发掘的遗址来看，所谓“古城”违背筑城原则。3月底浙江省文物考古研究所将组织有关专家进行集中讨论。
