自儒学诞生以来，似乎就有缺失本体论的遗憾，学界更有宋明理学、心学在道家学说和佛学东渐压迫或启发下对儒学进行理论完善之说。而愚以为，这些遗憾与说法大多是基于对儒家哲学早熟的科学本体观之未达，以及对本体概念的偏狭理解，而这种偏狭又正是儒学创建之初就刻意地自觉避免了的。
于是就出现了一种千年理论奇观：深刻的思想因为其过于深刻固然无法获得理解，而直白的表述也因为其过于直白而没能引起热衷于玄想的后辈们的重视。
一、 儒学本体的系统性
《中庸》开篇直言：“天命之谓性；率性之谓道；修道之谓教”，其中层次分明、根据明确，是我见过的所有哲学理论中对于思想本体的最为直白、简明而完备的表达。
“天①”作为可以理解和设想的最高自然本源赋予人类个体以“人性”，人性继而成为“人之道”的直接依据，而对“率性”而来的“人之道”的阐发、演绎、推论以致为人类提供具体的行为依据最终转化为德性、德行，就构成了儒学思想家的天职：设教天下。
值得注意的是，儒学于此提出了两个层次的本体概念：一是形而上学本体论层面上的先验本体“天”，二是伦理学层面上的道德本体“性”——“人性”。前者为后者提供了来源，而后者则作为道德原则的实质性本源承当了儒学理论本体的重任。
儒家还有一个本体概念，即“孝悌”政治本体，这既是氏族封建社会背景下的必然产物，也是儒家思想体系的历史局限，而儒学未能在理论上达成本体统一，实属中华民族的遗憾。也正因为这三大本体并行，故而造成了儒家理论某种程度的散乱感，此待后议。
二、 儒学本体的科学性
自孔子以至于子思子，儒家在形而上学本体论问题上表现出了一种难能可贵的理性成熟，它仅仅悬设了“天”这个本体论理念，而对这种无法认知的对象就如对待“鬼神”一般“敬而远之”、存而不论，不打算对其作任何探讨和描述。
本体概念就一个哲学理论体系而言是必不可少的，否则就无法提供理论的起点与基础。不幸的是，人类理性一旦转向哲学性思考就会自然地陷于玄思而走向幻相，飞越人类知识能力的可能界限，在对诸如世界起源的最初原因、自然发端的终极基点甚至是创造世界的最高智性的设想中盲目地赋予其实在性，并因此扼杀了理性自身而沉溺于神学类神学之中。
而中国的先圣们却在他们最初的思考中就自觉地把理性限制在合理的领域内，老子对于“道”、孔子对于“天”的态度，都是出于理论的体系要求而予以悬设性处理，老子明确提出“道可道非常道”，宣称“吾不知其名，强字之曰道”，孔子更是“子不语怪力乱神”。设而不究、存而不论，这种理性地运用理性的科学理性②在西方哲学界直到十八世纪的理性批判时期才得到领悟。
作为儒学形而上学本体概念的“天”，与老子的“道”有所不同，它高度概括的是整体性、抽象化的“自然造化”过程，儒家对这个本体的唯一知识就是：自然造化作为一种总体本源产生了“人性”这一结果。
那个由本源到结果的全部过程和机制都包含在一个“命”字之中，此处没有任何神秘与宿命可言，而只是用一个足以表达因果关联的词项给出“人性”这一实质性本体的来源，以便达成理论上的完备。
“天命之谓性”，即便是今天看来，也没有什么能比这个先天哲学命题更为科学的了！可以说，世界古代哲学家作出的所有人文思想方面的预设中，这是唯一一个为现代科学所证实了的。
而“人性”源自“天”的命题也是人类可以完全撇开经验而直接先天获得的具有绝对真理性的知识；并由于其绝对必然性的知识属性而比“我思故我在”的哲学命题更有资格承当人类一切知识最为坚实之基础的重任，从这样完全自明的命题中引出的儒学“人性”本体概念无疑真正远离了任何古典本体理论的神学嫌疑。
