第一阶段，思想论争阶段（1919年—1949年）。
与一般呈现相对静态特征的研究对象有所不同，思潮与运动往往在初起时就引起了圈内人士乃至社会各界的普遍震动和广泛关注。严格说来，这已是研究的起点。“整理国故运动”也不例外。
胡适提出“整理国故”口号后不久，便如巨石投浪，在民国知识界引发了阵阵的轩然大波。围绕着提倡“整理国故”的必要与否，以及方法是否得当，无论是名流巨擘，抑或是学界新秀，也无论是敌是友，均本着各自对时势与治学的判断和看法，公开或私下地发表了不少或赞成或反对的意见，诚可谓褒贬各异、莫衷一是。时人即曾观察到：“新思想与白话文学发生不一两年，国学运动就隐隐地抬起头来了。到现在，国学运动的声浪一天高似一天。随声附和的固然很多，而持强烈的反对意见的亦颇不少。”[5]鉴于这些思想论争的涉及面十分广泛，在此不拟详细展开[6]。
第二阶段，思想批判阶段（1949年—1979年）。
众所周知，20世纪50年代中期，大陆上开展了大规模的“胡适思想批判运动”。在汇编成八辑的《胡适思想批判》以及其它大量的批判文章中，作为“流毒”之一，胡适“整理国故”的主张自然难逃被口诛笔伐以求“彻底肃清”的劫数。尽管在个别文章中，也有部分专家学者尝试从方法论角度，对胡适及其“整理国故”进行学理性质的批评，间或还参入了一些具体学术问题的论辨；但形格势禁，即便是这类文章，也不得不立足于众口一词的全盘否定。在当时，一种颇具代表性的观点便是指斥胡适“整理国故”的主张，“一方面宣传帝国主义奴化思想，一方面诱惑青年用繁琐主义、形式主义、趣味主义脱离现实斗争。两翼是相互作用的，因而目的是一个：达到民族虚无主义，向帝国主义屈膝！”[7]甚至还有人认为：“胡适的所有‘考据’文章，几乎没有一篇不是有特殊的目的的。这个特殊的目的，就是反对共产党，反对马克思、列宁主义。”[8]自此以后，“整理国故运动”基本上“盖棺论定”。1957年出版的《鲁迅全集》对“整理国故”做出了“权威性”的注释：“‘整理国故’，是当时由胡适所提出的一种反动运动。”[9]其后刊行的各种《中国现代文学史》和《中国现代文艺思想斗争史》，也大多沿用了这一说法，这种状况一直延续到“文革”结束后数年。
在此必须说明的是，这些批判文章的作者大多是各研究领域的专家学者，虽然在指导思想上存在着严重的偏差，但是有些文字还是较具学术意味的，不宜一笔抹杀。如童书业对“古史辨”的反思，以及周一良对“整理国故”与“乾嘉考据”的辨析，均对后人研究不无启发[10]。
第三阶段，思想解放阶段（1979年至今）。
历史进入新时期以来，思想解放的潮流持续地冲刷着昔日的坚冰，极大地促进了史学的繁荣与发展。其中一个表征便是随着学术氛围的日益正常以及胡适研究的逐渐升温，有关胡适和“整理国故”的论题再次引起了一些学人的关注和重视，并在诸多方面予以了重新的审视。
