根据史书记载，大报恩寺塔地宫之内可能藏有玄奘的头骨舍利。而根据考古经验，在佛刹地宫之下往往藏有盛放高僧舍利的舍利函。
尽管早已预料到可能会挖出舍利函，但当这座地宫的舍利函出土时，在场的考古人员还是大吃一惊。这个铁函约0.5米见方，高度约1.34米，下面连有一个20厘米厚的石板底座。体积之庞大超藏有佛指舍利的法门寺铁函和藏有佛螺髻发的雷峰塔铁函。
考古专家介绍，铁函的正式名称叫盠顶宝函。按照等级规格，金陵大报恩寺与法门寺同属皇家最高级别的寺院，但法门寺铁函长度不到0.3米，雷峰塔的铁函长度也不过0.35米。相比之下，这座地宫出土的铁函之大非同寻常。
更令考古专家心跳的是，在铁函四周的石碑上还发现了“感应舍利十颗”、“佛顶真骨”、“金棺银椁”、“七宝阿育王塔”的字样。
