从1572年至1582年的张居正时期在明代后期财政史上是一个特殊的阶段。在他死去前不久，北京的仓库储存的粮食足支十年。除紧急情况外并不动用分毫的太仓库旧库的储积已达到白银600万两以上。太仆寺又存银400万两。南京的仓库同样也存有250万两。省库也储满了谷物和现银。王士性（1546-1598）根据他同地方官员的谈话，记述了在16世纪70至80年代，广西、浙江与四川的省库和府库平均存有150，000至800，000两的白银，这种情形似乎与16世纪政府财政的普遍状况自相矛盾。
1572年，张居正适时地掌握了政权。当时，同蒙古俺答汗交好，倭寇劫掠活动也渐渐减少，使得他能够实行节流的财政政策。在收入没有减少的情况下，他把目标瞄准了大力撙节政府开支方面，在他的督理下，政府所有不必要的和不急迫的事务不是停止，就是推迟。领取朝廷补助的生员数目减少了，宫中宦官的采办也受到严格的监督。各省官员受命减少力役，一般为现有水平的1/3。由帝国邮递系统提供的官舍服务也同样降到最低程度。这些并不伴随着全国应纳税款的同步降低，节约只是增加了朝廷的财富。来自于罚没的收入受到稽核。拖欠税粮的人--他们大部分是富有的地主--受到告发，并且力图向他们征收欠税。开纳事例和出售僧道度牒没有停止。节流的政策也扩展到军队中去。因为和蒙古暂时保持和平，边军和边境巡逻部队也要缩减开支。各方面都节约开支，也解放了更多的军士进行屯田。边镇的督抚受命削减他们的开支，以便能将中央政府提供的年例节约20%。分牧民户的战马卖掉，民户的马差--作为田赋的替代--也折纳银两。宗室的禄米也不予发放。只是到张居正死后，一些宗室才敢直接向皇帝奏请。在一些事例中显示出有些宗室的禄米已经20余年分毫未给。
张居正力主严查财政帐目，这在16世纪是空前的。张居正不再依靠监察御史，他对六部官员开始稽核。作为第一个步骤，1572年户部宣布裁省文册28种，归并文册22种。因此这些账册，特别是那些边军送来的账册被压缩成了一种更为简短的格式。就今天的标准而言，这些记录仍然很麻烦，但至少易于检验核查。1579年，在一位给事中的建议下，张居正命令所有的府县向北京提供他们的差役文册以备评核。山东和湖广的文册由首辅自己详审，并因此而出名。在这些文册按要求订正返回后，地方官员受命将之出版以此编制一种半永久性的预算。为了收集财政资料，按照张居正的命令执行最大的工程--编撰《万历会计录》。这项工程始于1572年，终于1582年，恰好是张居正任职期间。这项工作被当作是《大明会典》中财政部分的基础。参加这项工作的官员包括顾宪成、李三才和赵南星，他们后来都以此成名。
张居正的管理不包括任何革新，而是将重点放在行政纪律和税法的严格执行上。1576年，还需要皇帝亲自干预以使各省官员及时解运税收到京师。但到1581年，首辅已经 能够奏称，由于强化了财政责任与官员考成的关系，正赋不亏，征解如期。
