“南海Ⅰ号”２８日进入“水晶宫”后，预计博物馆每年的运营费用需要２０００万元，而此前整体打捞“南海Ⅰ号”以及建设“水晶宫”已投入２亿多元，不少人提出，斥巨资打捞和保护一艘古沉船到底值不值？对此，国家文物局局长单霁翔在接受记者采访时表示，整体打捞“南海Ⅰ号”具有重大和深远的意义，其价值不能简单用金钱来衡量。
为了整体打捞“南海Ⅰ号”，财政部２００６年审定９０００万元专项资金，财政部拨款３０００万元，剩余由地方财政补足。为了建造保存“南海Ⅰ号”的“水晶宫”，有关部门已投入了１.５亿元。不少人提出，花费如此“昂贵”的费用对一艘古沉船进行打捞和保护到底值不值？单霁翔说，打捞“南海Ⅰ号”的意义是综合的，首先它对中国水下考古学科的建设是一个巨大的推动，为了保护这些水下文物，中国进行了多学科的攻关、跨学科的研究，积累了很多宝贵和先进的经验；同时，对于海上丝绸之路的保护和发掘，它也是一个重要的节点。
对于“南海Ⅰ号”上的文物价值，外界也进行了各种估算，甚至有媒体估计这些文物价值达３０００亿美元。单霁翔表示，“南海Ⅰ号”上的６万至８万件文物信息量非常大，“这些文物加起来会放大它们的价值和信息，简单地对文物进行估值是不科学的。”
